פעילות אלקטרה M&E מבוססת על שלוש חטיבות: חטיבת הפרויקטים, חטיבת השירות וחטיבת חו"ל.
המבנה הארגוני של החברה מותאם לתפישת ההפעלה לפיה החברה צריכה לספק פתרונות בהתאמה לסוגי הפעילות ולמאפייני הפרויקטים, באמצעות חלוקה על פי מיקום גיאוגרפי או התמחות ספציפית.
חטיבת הפרויקטים בארץ כוללת שמונה סניפים:
לפי חלוקה גיאוגרפית: תל אביב, חיפה, ירושלים, באר שבע.
לפי התמחות ספציפית: פרויקטים לתעשייה, התקנות ופתרונות, פעילות אינטל, VRF למגורי יוקרה, משרדים ומלונות.
